到目前为止，常用的高压液相恒流泵都采用差不多的基本元件,因此，若遇到故障，通常都会比较类似。气泡、固体杂质及污染是导致故障的常见因素

　　一、固体杂质及污染的产生

　　使得固体杂质及污染产生的原因，要么就是流动相没有经过过滤，要么就是流动相的过滤效果不理想，要么就是对缓冲溶液使用以后，冲洗不及时析出了盐。

　　柱塞杆和密封圈磨损使得固体杂质产生的是另一个原因。在单向阀的宝石球和阀座上聚集了流动相微小的固体杂质，导致不能密封单向阀，使得压力出现波动或无液体流动。因为柱塞杆有着比较高的往复运动频率而密封圈紧紧接触运动着的柱塞杆，因此本身出现磨损比较容易，，如果存在固体杂质，那么一定会使其磨损的速度加快，若使用缓冲溶液,在缓冲溶剂挥发干了以后很容易析出盐并在柱塞杆上附着。重新启动泵以后，密封圈在柱塞杆的运动下会受到严重的磨损。就会有泵头内液体泄漏,压力不稳、上不去甚至为零的状况出现。所以在对缓冲溶液使用了以后，冲洗的溶剂一定要选用合适的。

　　二、气泡的产生

　　脱气不佳，有气泡在溶剂中为气泡产生的原因，对这样的溶剂直接使用时，就会从溶液中逸出气泡，特别是低压混合系统，气泡很容易产生并聚集在泵头，流动相可能在泵头释放出气泡以便吸液时泵头有负压产生。

　　除此以外，泵头内会陷入泵入口管路而形成的非常微小的气泡，大气泡会由这些小气泡聚成，从而使压力产生波动。如下是在泵头内有气泡会导致的麻烦。

　　1.若气泡在单向阀内，如此会导致单向阀的宝石球不能够正常运动而与阀座密封不严,就会造成溶剂倒流的现象，降低了流量，使得压力产生波动。

　　2.如果气泡很多，将整个泵腔占据，虽然柱塞杆运动,然而仅可以将空气吸入或排出，流动相输入输出没有，没有流量。

　　3.如果没有很多的气泡，那么随柱塞杆的往复运动会将气泡压缩和释放,这时流动相的流量达不到设定值。